目前渐渐有一些专家开始提出不一样的见解，有些人认为如果病人是将要接受试管婴儿治疗者，可以直接进入疗程，不一定要手术将巧克力囊肿先摘除，因为手术有可能更加伤害到卵巢的功能。

尽管手术除开刀麻、醉的风险外，最大的风险是可能造成卵巢损伤，另外，也无证据支持巧囊手术对试管婴儿治疗有帮助。然而，不手术除了无法确定良性或恶性之外，也可能造成取卵时巧囊感染，此外取卵也会较困难。