优质胚胎只是形态学的评分，染色体正常率和着床率会明显大于非优质胚胎，但不是等于优质的胚胎染色体就是正常的。正常情况下，优质胚胎的染色体异常概率大概是10%。就算是三代试管，也不能完全排出染色体异常的可能性。
一般来说，优质胚胎也会出现染色体异常，尤其是能形成优质囊胚的胚胎也可能出现染色体异常,包括缺失、重复、倒位、互换等结构异常问题,以及非整倍体、单体X、多倍体等染色体数目异常问题。
优质胚胎的判断标准为三个方面:生长速度、胚胎的卵裂球形态、细胞中的胚胎碎片，而普通试管对于优质胚胎的判断并没有染色体筛查，所以说也是有可能会有优质胚胎移植后染色体出现异常的情况。
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