正常情况下，胚胎性别不同是不会出现胎停的，但是如果怀女孩没有问题，而怀男孩有问题，那么就是y染色体出现异常了。这个时候一般要做三代试管来避免染色体异常。当然，试管胚胎染色体异常导致胎停，剩余的胚胎是可以继续用于试管移植的。不过，试管胎停后要等三到六个月可以进行再次移植。
如果每次怀男孩就胚胎停止发育，而每次怀女孩都能正常生产，这种情况一般是可能是有性染色体遗传性疾病。在早孕胚胎发育停止的胚胎中，大部分是由染色体异常引起。
其中与性别相关联的，一般都是性染色体遗传的，如果每次都是男孩停止发育，那么可能是y染色体遗传性疾病引起的，这种情况可以通过检查夫妻染色体有没有异常及检查停止发育的胚胎染色体情况来确定。
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