三代试管虽然可以排除带HIV的精子或卵子，避免导致婴儿感染的风险，但是仍然无法阻挡艾滋病的感染。也就说第三代试管可以帮助HIV感染者获得健康的宝宝，并减少病毒传播的风险。但也只能降低风险，不能做到100%的避免。因此艾滋病做三代试管也是有要求的。
艾滋病目前还没有有效的治愈方法，也没有任何技术可以完全避免艾滋病传播。虽然第三代试管可以排除携带HIV的精子或卵子导致婴儿感染的风险，但如果患有艾滋病的父母仍然在怀孕期间或分娩过程中没有采取预防措施，婴儿仍然有可能感染艾滋病。
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