三代试管技术目前只可以筛查125种单基因遗传性疾病，以及染色体数目和结构的异常，但并不能有效地筛查多基因遗传病，这也是为什么说三代试管无法完全避免所有遗传病的原因。要知道，多基因遗传病的复杂性，不仅家族遗传高，发病率也高于单基因。
首先，三代试管婴儿可以筛查将近125种遗传性疾病，但是无法筛查和排出多基因类遗传病，因为三代试管婴儿目前针对的遗传性疾病，属于单基因遗传性疾病。
其次，多基因疾遗传性疾病是指人体有两个或者两个以上的基因突变，导致遗传性疾病出现，是受环境和遗传因素两方面的影响，像高血压等。
最后，多基因遗传病由于其致病基因的数量庞大以及环境因素在其发病中的作用，不能用PGD来判断后代的易感性。
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