二代试管囊胚和三代试管囊胚的区别主要在于是否经过染色体检查。首先，三代试管是在一代、二代的基础上发展，主要的优势就是针对遗传病患者的检测。其次，二代试管主要应用的是单精子注射的方法，所以胚胎质量无法保证。最后，二代试管是就可以移植囊胚，也可以移植鲜胚，但是三代试管大部分都是囊胚，因为要活检。
三代试管婴儿是在一、二代的基础上进行进一步的发展，因为主要针对的是遗传疾病的患者，所以在试管的过程中会对胚胎的染色体进行检测。如果染色体有问题的囊胎，就会被淘汰掉，选择健康的囊胎进行移植。这也是三代试管婴儿的优势
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