卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种类型．如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，长期这样就会形成巧克力样的囊肿，故此成为卵巢巧克力囊肿．对有生育要求的女性，采用药物治疗，并定期随访检查．若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，就采用保守性手术．

而卵巢囊肿是卵巢常见的良性肿瘤，育龄女性由于体内雌激素旺盛，故而发生卵巢囊肿的可能性较大．卵巢囊肿有各种不同的性质和形态，即：单一型或混合型、一侧性或双侧性、囊性或实质性、良性或恶性，其中以囊性多见，恶性变的程度较高．卵巢囊肿之所以很难早期发现，是由于它在早期基本无症状，只有少数女性通过妇科检查得以发生．大部分的患者在就诊时已属晚期，很少能得到早期治疗．所以女性朋友若有发现白带异常、月经不调等疾病都应该到医院进行具体的检查，由于这可能就是卵巢肿瘤或宫颈疾病的表现．

不孕不育医生表示，卵巢巧克力囊肿和卵巢囊肿疾病，都会给女性生育带来严重威胁，因此女性不管是患有卵巢巧克力囊肿，还是卵巢囊肿，都应积极的去正规的医院进行治疗。